Трајковски загина на 26 февуари 2004 година, во трагичната несреќа во која животот го изгубија и Димка Илкова-Бошковиќ, Ристо Блажевски и Анита Кришан Лозановска од Кабинетот на претседателот, Миле Крстевски од Министерството за надворешни работи, Борис Велинов и Аце Божиновски, членови на обезбедувањето и пилотите Марко Марковски и Бранко Ивановски.
Несреќата се случи во близина на градот Мостар во Босна иХерцеговина. Денес во Ротимље – Мостар, ќе присуствува македонска – делегација предводена од министерот за одбрана Фатмир Бесими, во чиј состав се и министерот за образование и наука Панче Кралев, генерал-мајор Зоран Димов и Мирко Крстевски и претставници од семејствата на загинатите.
Свежо цвеќе, денес,ќе биде положено и на гробот на Трајковски и на останатие загинати, од страна на делегации на Собранието, Владата, политичките партии и други граѓани.
