Земените мостри од реките кои се влеваат во Охридското Езеро, според Уредбата за класификација на води, одговараат на втора и трета класа. Водата од базените што се користат во хотелите на охридско струшката ривиера е од прва категорија.
Водата во Преспанското и Дојранското Езеро исто така е од прва и втора категорија, покажале испитувањата на Центрите за јавно здравје.