Пендерецки е роден на 23 ноември 1933 година, а неговиот татко многу рано му овозможил на синот контакт со музиката. На 18 години, тоје примен на конзерваториумот во Краков, истовремено студирајќи филозофија, историја на уметноста и историја на литературата на универзитетот, а од 1954 г. – композиција на Краковската Државна академија на музиката. Во 1958 г. по завршувањето на студиите тој стана професор на Musikhochschule.
Во 1968 г. Пендерецки стана стипендист на DAAD (Германскиот сервис за академска размена) во Берлин и во 1970 г. ја доби наградата на Сојузот на полските композитори. Од 1973 г. тој беше ректор на Високата музичка школа во Краков, а од 1973 до 1978 г. – професор на Универзитетот на Јеил, „New Haven“. Во овој период Пендерецки гостувал ширум светот, стекнувајќи меѓународен углед како диригент на своите дела и делата на други композитори.
Меѓу значајните награди кои Пендерецки ги доби за своите композиции се наградите „Артур Онегер“, „Сибелиус“ на Wihouri Фондацијата, Државната награда на Полска и Grawemeyer Award за музичка композиција на Универзитетот во Луисвил.
Пендерецки е на водечки позиции во академските и други институции во Германија, Литванија, Австрија, Хонг Конг, Шпанија и Летонија и прогласен е за почесен член, почесен доктор и почесен професор на бројните водечки академии во Лондон (Кралската Академија на музиката), Рим, Стокхолм, Берлин, Буенос Ајрес, Пекинг, Вашингтон и многу други.
